La Fundación Universidad Europea nace con la misión de cooperar para el cumplimiento de los fines de la Universidad Europea, colaborando fundamentalmente en la extensión de su reputación. Desde la fundación se trabaja para servir de apoyo a la universidad a través de proyectos o iniciativas que generen un impacto positivo mediante el desarrollo de la actividad docente e investigadora.
La labor de la fundación se concreta en tres áreas: compromiso social (donde destacan los Premios Jóvenes Emprendedores Sociales), EducAcción (con iniciativas como la Escuela de Pacientes) e IngestigAcción (que impulsa proyectos que suelen encontrar dificultades para la financiación).